江蘇省共有29所二本大學參與了2016江蘇二本大學排名理科，其中排名第一的是南京審計學院，排名第二的是南京林業大學，排名第三的是徐州醫科大學。
以下是江蘇二本大學排名理科2016具體榜單，根據2015年理科二本錄取均分排名，包含部分專業在二本招生的一本大學。
| 江蘇二本大學排名理科 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 均分 |
| 1 | 南京審計學院 | 34 | 310(第二批) | 344 |
| 2 | 南京林業大學 | 32 | 310(第二批) | 342 |
| 3 | 徐州醫科大學 | 31 | 310(第二批) | 341 |
| 4 | 南京醫科大學 | 31 | 310(第二批) | 341 |
| 5 | 南京工業大學 | 30 | 310(第二批) | 340 |
| 6 | 南京信息工程大學 | 29 | 310(第二批) | 339 |
| 7 | 南京工程學院 | 29 | 310(第二批) | 339 |
| 8 | 揚州大學 | 27 | 310(第二批) | 337 |
| 9 | 常州大學 | 25 | 310(第二批) | 335 |
| 10 | 蘇州科技學院 | 24 | 310(第二批) | 334 |
| 11 | 南京中醫藥大學 | 24 | 310(第二批) | 334 |
| 12 | 江蘇警官學院 | 24 | 310(第二批) | 334 |
| 13 | 南通大學 | 23 | 310(第二批) | 333 |
| 14 | 江蘇大學 | 23 | 310(第二批) | 333 |
| 15 | 南京曉莊學院 | 22 | 310(第二批) | 332 |
| 16 | 江蘇第二師范學院 | 22 | 310(第二批) | 332 |
| 17 | 常州工學院 | 22 | 310(第二批) | 332 |
| 18 | 南京藝術學院 | 21 | 310(第二批) | 331 |
| 19 | 江蘇師范大學 | 21 | 310(第二批) | 331 |
| 20 | 江蘇科技大學 | 21 | 310(第二批) | 331 |
| 21 | 江蘇理工學院 | 18 | 310(第二批) | 328 |
| 22 | 常熟理工學院 | 18 | 310(第二批) | 328 |
| 23 | 鹽城工學院 | 12 | 310(第二批) | 322 |
| 24 | 南京特殊教育師范學院 | 11 | 310(第二批) | 321 |
| 25 | 淮海工學院 | 11 | 310(第二批) | 321 |
| 26 | 淮陰師范學院 | 10 | 310(第二批) | 320 |
| 27 | 鹽城師范學院 | 9 | 310(第二批) | 319 |
| 28 | 淮陰工學院 | 9 | 310(第二批) | 319 |
| 29 | 南京體育學院 | 6 | 310(第二批) | 316 |
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