西藏藏醫學院成立于1989年9月，是全國乃至世界惟一一所經國家教育部批準公辦獨立設置的藏醫藥高等學府。

學院始終全面貫徹黨的教育方針，堅持以藏醫藥教育為主，以教學為中心，以科研促進教學，以醫療保障教學，以產業服務教學，產學研協調發展。堅持“秉承傳統，開拓創新”的辦學理念，倡導踐行“厚德、勤學、篤行、利眾”的校訓，形成了以藏醫藥本科教育為主，研究生教育、成人教育、非學歷教育等多層次協調發展的辦學體系。1999年被批準為民族醫學(藏醫)碩士學位授予點，2004年開始與北京中醫藥大學聯合招收培養世界上首批民族醫學（藏醫專業）博士研究生。目前開設有1個民族醫學（藏醫專業）碩士研究生班，3個藏醫本科、藏藥本科、藏藥營銷本科專業，3個藏醫專科、天文星算、高護專科專業，共有各類在校生2235人。
學院現有教職員工190人，其中專任教師90人。具有高級職稱的31人，博士生導師3人，博士生指導小組成員10人，碩士生導師26人，享受國務院特殊津貼專家2人，全國藏醫藥醫師資格考試命題首席專家1人，國家和自治區藥品評審專家5人，國家非物質文化保護遺產傳承人5人。

學院堅持以人才培養為根本任務，以教學為工作中心，不斷提高教育教學水和人才培養質量。先后編寫了全國第一套共24本“21世紀藏醫專業本科規劃教材”的11本，全國第一部《藏醫專業本科教學大綱》，全國第一套共10本的“21世紀藏藥專業本科規劃教材”等。目前，《藏醫學》、《藏藥學》專業為國家專業建設點，擁有自治區級精品課程7門，校級精品課程16門。學院于2007年被國家教育部確認為“構建傳統與現代相結合的藏醫藥現代高等教育體系與人才培養模式實驗區”；于2011年被國家教育部批準為國家教育體制改革試點項目??“藏醫藥人才培養模式改革試點”單位。
學院注重發揮專業優勢，致力于藏醫藥科學研究，科技開發。創辦了面向國內發行的學術性期刊《藏醫藥教育與研究》，編著出版了300萬字的藏醫藥學巨著《四部醫典大詳解》。承擔了國家科技部863計劃藏醫藥研究技術臺項目、科技部973計劃項目4項、國家自然科學基金項目5項、國家科技支撐計劃項目4項。現有省部級以上科研臺4個，中央與地方共建高校優勢學科實驗室建設項目4個，國家級重點實驗室2個；擁有1所直屬附屬醫院、1個藏藥廠、2個采藥認藥基地、5所教學醫院、1所非直屬附屬醫院、1個非直屬教學藥廠，1個傳統與現代相結合的實驗標本中心。

學院圖書網絡中心有各類圖書41886冊，其中藏醫藥學古籍資料4970多卷、傳統藏醫藥教學彩色唐卡81幅；建有校園網、電子閱覽室、藏醫藥學和天文星算學博物館。學院藏藥廠現生產藏藥品種上百種，其中24種藥品獲得國家批準文號。

學院積極開展對外合作與交流，多次派遣專家赴美國、英國、南非、巴西、日本等24個國家訪問講學；先后為30多個國家和地區的學者講授藏醫藥學，并于1994年在英國開辦藏醫班，很好地向世界展示了藏醫藥學，弘揚了民族文化。

“十二五”時期，學院將根據“始終貫穿一條主線，努力實現兩個目標，繼續促進三個轉變，深入實施四大戰略”的發展思路，銳意創新、扎實工作，把西藏藏醫學院建設成為鮮明，優勢明顯，綜合實力較強，在國內藏醫藥學科領域居領先水，在國際上具有一定地位和影響的教學型現代藏醫藥高等院校目標而努力奮斗！