福建省共有28所在二本批次招生的大學參與了2016福建二本大學排名理科，其中排名第一的是廈門理工學院，排名第二的是福建江夏學院，排名第三的是閩江學院。
以下是福建二本大學排名2016具體榜單，根據2015年理科二本錄取均分排名，包含部分專業在二本招生的一本大學。
2016福建二本大學排名理科
| 廈門二本大學排名 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 錄取均分 |
| 1 | 廈門理工學院 | 107 | 410(第二批) | 517 |
| 2 | 福建江夏學院 | 101 | 410(第二批) | 511 |
| 3 | 閩江學院 | 98 | 410(第二批) | 508 |
| 4 | 福建工程學院 | 97 | 410(第二批) | 507 |
| 5 | 福建警察學院 | 95 | 410(第二批) | 505 |
| 6 | 莆田學院 | 91 | 410(第二批) | 501 |
| 7 | 福建中醫藥大學 | 86 | 410(第二批) | 496 |
| 8 | 廈門大學嘉庚學院 | 83 | 410(第二批) | 493 |
| 9 | 集美大學誠毅學院 | 71 | 410(第二批) | 481 |
| 10 | 寧德師范學院 | 69 | 410(第二批) | 479 |
| 11 | 三明學院 | 67 | 410(第二批) | 477 |
| 12 | 龍巖學院 | 67 | 410(第二批) | 477 |
| 13 | 武夷學院 | 62 | 410(第二批) | 472 |
| 14 | 閩南師范大學 | 60 | 410(第二批) | 470 |
| 15 | 泉州師范學院 | 57 | 410(第二批) | 467 |
| 16 | 福州大學至誠學院 | 57 | 410(第二批) | 467 |
| 17 | 福建師范大學協和學院 | 48 | 410(第二批) | 458 |
| 18 | 仰恩大學 | 41 | 410(第二批) | 451 |
| 19 | 福建農林大學金山學院 | 35 | 410(第二批) | 445 |
| 20 | 廈門工學院 | 34 | 410(第二批) | 444 |
| 21 | 福建農林大學東方學院 | 30 | 410(第二批) | 440 |
| 22 | 陽光學院 | 24 | 410(第二批) | 434 |
| 23 | 福州理工學院 | 24 | 410(第二批) | 434 |
| 24 | 福建師范大學閩南科技學院 | 18 | 410(第二批) | 428 |
| 25 | 福州外語外貿學院 | 17 | 410(第二批) | 427 |
| 26 | 廈門華廈學院 | 14 | 410(第二批) | 424 |
| 27 | 閩南理工學院 | 14 | 410(第二批) | 424 |
| 28 | 泉州信息工程學院 | 12 | 410(第二批) | 422 |
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